A divisão (particionamento) do disco rígido é um opção da fábrica ou técnico para que o usuário possa ter uma segurança se seu notebook ou PC apresentar problemas e houver necessidade de formatação. A regra é que: uma parte do HD - normalmente chamada de primária e representada por C: - é utilizada para a instalação do sistema operacional e demais aplicativos (Office, jogos, etc), a outra parte do HD - também representada por uma letra sequencial, como D:, servirá para o usuário guardar seus arquivos pessoais, músicas, filmes, jogos salvos, e-mails, favoritos, e tudo o que ele criar.
Assim, caso haja a necessidade de formatar novamente o disco, não haverá problemas com perda dos arquivos pessoais do usuário, pois essa segunda partição do disco não sofrerá alterações.
Com relação ao tipo de formatação, independe, porque se considerarmos o fim total de suporte ao Windows 98 pela Microsoft e a chegada do Windows Vista, o XP ficará como padrão, e a partir do Windows 2000, as partições são lidas e reconhecidas sem problemas. Então, tanto faz se for criada uma partição FAT32 ou NTFS que o sistema irá reconhecer.
Aconselho usar sempre uma participação NTFS (disponível a partir do NT), onde é possível dar maior segurança ao usuário pelo sistema, como por exemplo, no Windows 98 qualquer um acessava suas pastas, não importa o nome do usuário, o acesso era completo. Isso é um problema que decorre do tipo de partição. Com uma partição NTFS, como o do XP, se forem criadas contas de usuários, um usuário não poderá sequer, ver os arquivos de um outro, a menos que tenha permissão para isso. É a segurança que esse tipo de partição traz, além de muitas outras, claro.